Nainggolan telah dilahirkan di Antwerp dan merupakan anak kepada Lizy Bogaerts, orang Flemish Belgium dan Marianus Nainggolan, yang merupakan suku Batak dari Indonesia. Marianus telah meninggalkannya ketika beliau masih kecil. Ibu Nainggolan telah meninggal pada 2010. Beliau merupakan penganut agama Katolik dan fasih berbahasa Belanda, Inggeris dan Itali serta dapat memahami serba sedikit bahasa Perancis.